分子势能是形貌分子相互作用能力的物理量。随着实验手艺的生长，人们越来越深入地体会到分子势能对分子结构的影响。
分子结构的稳固性与分子势能有关。分子势能越低，分子越稳固，该分子在自然情形中的寿命就越长。反之，若分子势能过高，则分子间的相互作用会十分强烈，分子会发生同化或剖析征象。可以说，维持一个稳固的分子结构，在很洪水平上取决于分子势能的巨细。现实上，分子结构一直地发生变化，都是由于分子间相互作用的实力，即分子势能的巨细差异所导致的。
除了分子结构以外，分子势能也对分子的物理性子发生影响。例如，当分子势能较高时，分子的熔点和沸点就会较高。同样，由于分子势能对分子间相互作用力起着重要作用，在生物领域中，分子势能是研究分子相互作用机制的重要指标之一。
